НДС есть в договоре, но счет-фактура не выставлен

(Письмо Минфина РФ от 22.06.2018 г. № 03-07-1/42820)

Согласно п. 5 ст. 173 НК РФ в случае выставления лицами, не являющимися налогоплательщиками НДС, в том числе применяющими УСН, покупателю товаров (работ, услуг) счета-фактуры с выделением суммы НДС вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет.

Минфин разъяснил, что обязанность по уплате НДС в бюджет возлагается на продавца, применяющего УСН, только в случае выставления такими продавцами покупателю товаров (работ, услуг) счета-фактуры с выделением суммы НДС.

В связи с этим в случае, если в договоре стоимость реализуемых товаров (работ, услуг) указана с учетом НДС и при оплате этих товаров (работ, услуг) покупателем в платежном поручении выделена сумма налога, при невыставлении счета-фактуры продавцом, применяющим УСН, обязанности по уплате НДС в бюджет не возникает.